Для начала ответьте на вопрос - зачем вам в NAS RAID?
RAID != Backup
Соответственно всякие излишества с массивами нужны только если вам нужна отказоустойчивость в реальном времени.
Я бы на вашем месте создал
1) raid1 из 2x3TB
2) raid5 из 2x3TB+1x2TB (естественно доступно будет только 2+2, но можно же со временем заменить двухтерабайтник на еще одну трешку и расширить массив).
А оставшиеся диски (ну или один, если действовать по второму варианту) пустить на холодный бэкап наиболее важных данных.
JBOD - это просто отдельные диски, которые будут монтироваться в разные точки.
Итого:
- я бы советовал использовать програмный raid, потому что он более универсален и не будет зависеть от железа (которое тоже бывает смертно)
- про массив смотрите выше, в зависимости от того сколько места нужно прямо сейчас в том числе под бекап.
Проблемы с ребилдом raid5 я видел лично. И самая поганая вещь - никогда не можешь быть на 100% уверен, пострадали данные или на месте бедблоков была пустота. Только сверяться с бекапом.