> mysql
если хотете делать это профессионально - изучите как mysql устроена. Это сделает Вам огромную пользу в оптимизации.
> php, apache
php - сам по себе не особо оптимизируется. Есть добавочные средства - кеши (APC, OpCache), есть некоторые опции в php.ini - изучите просто "что вообще можно настроить в php"
В целом - в целом оптимизация web - это оптимизация архитектуры - замена apache+php на php5-fpm+nginx.
Оптимизация дискового IO, оптимизация сети, etc...
Т.е. вопрос задан слишком общий, чтобы на него ответить в одном посте
