Когда запрашиваете создание transaction/payment/subscription будет возвращен соотв.объект, у него будет id. По нему и отслеживать данные: каждый webhook пришлет объект(ы), у которых указан id. Например, «transaction.succeeded» пришлет в event.event_resource.transaction объект transaction, у которого есть id, по нему и сопоставляете.