для MySQL пользую EMS SQL Manager for MySQL. lite версия емнип, бесплатна. стартует(стартовал) под вайном нормально. использую их продукты в силу давней привычки, хотя не первый год пытаюсь найти достойные альтернативы пересесть ни на что иное пока не удалось. правда я с MySQL последние лет пять сталкиваюсь минимально, в основном использую MS SQL Server, может потому и не перешел еще с линейки EMS на что-нибудь другое, по MS альтернатив поменьше чем под мускуль будет.
еще забавные тулзы от
DevArt для MySQL но как у них запуском под nix'ами не знаю. скорее всего не ахти, хотя попробовать запустить их под mono можно, не исключено что получится
