Стандарта нет. Но в зависимости от структуры самого бота возможны осмысленные варианты. Можно посмотреть
пример как реализовано разделение для программы тестирования веб-страницы.
Там есть основной модуль, а к нему модуль классов страниц, а к нему модуль классов элементов страниц и модуль классов соответствующих локаторов.
Классы страниц подтягивают классы элементов с соответствующими локаторами, а страницы управляются с главного класса на главном модуле.
Вот вам один подход. Конечно, он напрямую на вашу схему не ляжет, но можно в этом направлении двигаться. Классы пользователей, классы услуг, классы каких-нибудь там еще сущностей.
А можно как в фреймворках типа Django - модуль установки и настройки проекта, папка проекта, в ней - модуль шаблонов, модуль логики, модуль взаимодействия с БД, модуль администрирования, модуль взаимодействия с сервисом, для которого бот, подпапка со статикой, подпапка с конфигами…
