Ставьте тот дистрибутив, который лучше знаете. Если вы использовали только FreeBSD, то ее и используйте, под выше описанные задачи данный дистрибутив подходит на все 100%, как впрочем и любой другой дистрибутив Linux системы, лично мне больше нравится CentOS.
p.s. Почитайте на чем основана Ubuntu, Fedora на сервере это моветон :)