Ох, замучаетесь вы с ним! Если есть возможность индексировать базу или XML (вроде, вам поиск по товарам нужен), то удобнее использовать Sphinx. Там все это можно.
В истории их может не быть (зависит от того, делали ли вы push куда-либо), но они остались в хранилище. Можете сделать git gc для очистки хранилища от коммитов без связей.
