Как вариант "костыля" решил так:
1. В Apche в качестве корня указываю не /project/frontend а /project
2. и создаю файлик /preoject/index.php для редиректа (можно через htaccess сделать тоже самое)

<?php
header('location: /frontend');
?>

После этого XDEBUG заработал