Вы смешали в одну кучу бизнес и разработку программного обеспечения. Отсюда и непонимание.
1. "фронтендер, бэкендер, специалист по базам и админ" Админ точно только косвенно входит в разработку продукта. "специалист по базам" - очень узкая специализация, нужен ли такой для проекта, сможете ли его в полном обьеме загрузить работой на срок проекта? Поэтому Agile и предлагает использовать другой тип работников, более широкого профиля. Хотя при Agile возможно чтобы равномерно были загружены и фронтендер и бэкендер.
2. Ваш пример это скорее психологическая проблема в комманде. Синьор - с заниженной самооценкой, компенсирующий ее на подчиненных. Agile - подразумевает, как вы написали "чтобы каждый работник мог взять и выполнить любую задачу", значит в команде не будет ни Синьор, ни Джуниор.
3. В требованиях к User Story и нужно писать требования по нагрузке и архитектура должна строиться от этой нагрузки.
4. Опять же подразумевается работа программистов одного уровня.
5. Владельца бизнеса никто не отменял. Agile подразумевает "Ретроспектив" и на будущие спринты должны быть учтены срывы текущего, но если команда срывает постоянно, значит нужно смотреть извне команды, что за проблемы внутри. А перед заказчиком отвечает владелец бизнеса и никак иначе.
6. Владельца бизнеса