Как раз самое интересное пропустили — как вы формируете layout, очевидно, проблема в этом.
При добавлении на layout виджета, первый становится родителем второго. Поэтому если у вас в какой-то момент удаляется mainWindow, то удаляется и layout, который уже сносит все виджеты на нем. И черт его знает, что происходит с объектами lTable и подобными.