Решение оказалось предельно простым.
Армянское Радио в комментариях сообщил (его комментарий к сожалению не могу пометить решением вопроса), что в "nextcloud есть отложенное удаление, включенное по-умолчанию". Я сначала предположил, что он говорит о корзине, однако, в папке user/files_trashbin/files Nextcloud вы можете обнаружить файлы, удаленные по запросам извне, при этом по какой-то причине в корзине лично у меня они не отображались.
Если кто-то окажется в такой же ситуации с Nextcloud, имейте это ввиду.
