Как организовать доступ к сообщениям VK в веб-приложении?

mechanize в руки и вперед

Shell script с root правами из PHP?

перепутал, — nohup, чтобы скрипт не отваливался когда апач упадет и т.п.

Докачка файлов в Google Chrome?

он и под виндой работает… и не обязательно wget — любой качалке, если к ней можно обратиться из командной строки