"DELETE users FROM users WHERE users.id != '$id'"
В вашем примере должно быть
"DELETE user FROM user WHERE user.id != '$id'"
user.id - это поле id с таблицы user.
$id - это переменная id которую мы вытаскиваем c xml.
c БД мы удаляем те id которые НЕ совпадают с id в xml.
у меня работает).
тут я скорее не корректно написал SELECT
удалите - login='$login' OR
SELECT-ом мы выбираем записи id и login с БД которые совпадают с xml. Если их нет - мы делаем INSERT, в противном случае (else) - мы удаляем с БД те записи (id) которые не равны ( != ) записям с xml.