mysql - это клиент, который подключается к серверу. а mysqld вообще запущен? ps -ef | grep mysqld - проверка.
одной из задач стоит выбор веб-фреймворка для предоставления API сторонней программе (использовать думаю REST). Что лучше всего подойдёт для выбранной задачи, Flask или Django?