1) Есть ли хорошее решение для Yii2? (Сохранение агрегатов и моделей из нескольких таблиц в БД, получение из БД заполненной entity)
Расширений для подобных задач не так уже много, вот можете например
посмотреть это расширение (о качестве судить не могу, не использовал его)
2) На сколько удобно использовать Doctrine в связки с Yii2, есть ли у кого-нибудь практический опыт использования такой связки? Какие неудобства могут возникнуть? (В проекте нет Foreign key
)
На мой взгляд это лучший вариант. Подробнее о том как работать с доктриной под yii можно почитать
на хабре