Такая же проблема. ОС Windows XP, хром крайней версии. На втором ПК с Windows 8.1, все нормально.
tmfeed.ru и freelansim.ru отображаются корректно, а moikrug.ru, toster.ru, geektimes.ru, megamozg.ru, habrahabr.ru - как на скринах топикстартера.
Moskus: все верно, тоже не использую FAR, предпочитаю Тотал и не программирую.
В Тотале получил списки полных путей файлов и их размеров для обоих папок. Вставил в Эксель, отсортировал, дописал команды ren. Сохранил в батник и выполнил.