Похоже первым шагом нужно разобраться с ТЗ.
Возможны разные варианты
* Тянуть к себе в базу все сообщения и как то их использовать потом в карточке клиента, тут отдельно подумать, о том что завязываться на вендора (конкретного агрегатора) или делать универсальное решение.
* Просто в карточке клиента отображать чат, есть агрегаторы которые дают настраиваемый iframe с чатами.
* Возможно, вообще менеджеры будет пользоваться интерфейсом агрегатора, а в CRM только будут попадать только уведомления.
Про WhatsApp стоит знать что есть официальный WhatsApp бизнес, но стоит он не дешево. А есть сервисы предлагающие решения на основе web версии и стоит это сильно дешевле но с ограничениями (например рассылки чреваты баном).
И если клиенты компании которая будет использовать CRM, находятся в России то вероятно вам нужен будет именно WhatsApp и во вторую очередь Инста. Остальные мессенджеры непопулярны.