Можно поставить 1 вордпресс и все страницы переделать в page template, далее создать страницу для каждого шаблона. (да очень монотонная работа но всеже) далее уже можно использовать силы wp для постепенной интеграции. Например если на 50 страницах есть блог то в эти 50 шаблонов его вынести и уже добавлять новости через админку. Это явно удобнее чем менять каждый раз в 50 страницах блок новостей.
вопрос как избежать новых установок WP на каждую из директорий
Тут вопрос как сейчас это работает. Все на одном домене или на разных?
Если разные домены то есть в вордпесе мультисайт
Если на одном то просто сохранить необходимую вложенность. Когда указывается родитель для страницы.
А дальше уже можно постепенно адаптировать все шаблоны.