Консольный скрипт использовал расширенные заголовки для отправки письма, лечится добавлением
X-Header Yes
в конфиг dkim-milter
если отправлять телнетом без расширенных заголовков все подписывается верно и без этой строчки.
Проверил что ни dkim, ни spf не влияют на количество писем, которые можно отправить почтовикам в течении определенного времени, точно проверенно для yahoo.com с которым у клиентов в основном проблемы.