В onPause не надо вызывать stopService, вы тем самым убиваете сервис.
Вы должны в onPause вызывать startService(new Intent(this, MyService.class),putExtra("pause", true));
с параметром, который поймаете в сервисе.
В сервисе в методе onStartCommand сделать проверку на наличие параметра
если intent.getBooleanExtra("pause", false) == true тогда player.pause()
Читать
developer.android.com/guide/components/services.html 