Итого мы имеем 5 серверов. Вопрос по терминальным лицензиям — их нужно на кол-во пользователей или придется закупать их по 40 штук на каждый сервер?
Терминальных лицензий нужно покупать по количеству пользователей. Число серверов не играет роли. Если сравнивать затраты в лоб, то капитальные затраты на VDI решение выше, чем на терминальное, т.к. вам потребуется покупать клиентские ОС Windows с Software Assurance, либо ежегодную подписку VDA (зависит от типа клиента, с которых осуществляется подключение), что явно дороже одной терминальной лицензии.
На трех серверах поднимается служба Remote Desktop Services и Remote Desktop Connection Broker
Лучше разнести терминальные роли по разным серверам (еще лучше — если это будут ВМ — облегчит управление всем этим зоопарком). Скорее всего вы захотите балансировать нагрузку между RDS Session Host серверами с помощью Microsoft NLB, тогда как для Connection Broker отказоустойчивость обеспечивается за счет Microsoft Failover Cluster. На одном сервере Microsoft'ом не поддерживается одновременная работа NLB и Failover Cluster. Выход — использовать внешний балансировщик (Citrix, F5, Kemp, etc), либо разносить роли по разным серверам.
Пользовательские Папки и профили — на двух файловых серверах с настроенной службой DFS и репликация между ними.
Вот тут описаны сценарии, в которых поддерживается DFS для случая с перемещаемыми профилями пользователей:
blogs.technet.com/b/askds/archive/2010/09/01/microsoft-s-support-statement-around-replicated-user-profile-data.aspx
В качестве альтернативного варианта — использовать внешний NAS сервер с поддержкой протокола CIFS (SMB), либо развернуть еще один кластер из файловых серверов на Windows Server 2012 с Cluster Shared Volumes, и общим надежным блочным хранилищем (СХД).
