Поделюсь, меня тоже настигла данная проблема. Реализовывала scrollspy, который сначала тоже не сразу удалось сделать (нюансы с overflow и height). Все-таки сделала, но потом оказалось что не у меня не работает кнопка "вверх" (появление-исчезновение по скролу).
После пары часов мучений (обидно за время). Не могла понять что именно событие scroll не отрабатывает. Важно что за классы заданы у элементов страницы. Scrollspy я отслеживала по контейнеру main а не по body и именно у main был задан overflow:auto.
Решение оказалось простым до ужаса - просто стала отслеживать Scrollspyпо body и ему задала overflow:auto. Кнопка "вверх" заработала.