webpack.config.js - это обычный исполняемый js-файл, поэтому вы можете туда писать все что угодно как в js, любые условия и прочее.
Проверить на прод. можно примерно так (у вас может быть иначе, см. package.json -> scripts)
const isProd = process.env.NODE_ENV === 'production'
Файлы исключаются так, в exclude передается регулярное выражение, либо массив регулярок:
// module.exports -> module -> rules ...
{
test: /\.js$/, // ищем файлы с расширением js
exclude: isProd ? [/node_modules/, /\.dev.js$/] : /node_modules/, // исключаем node_modules, и файлы типа main.dev.js для production, либо только node_modules для dev и так далее
use: // ваши loader'ы
},
