Не понятно какой была фрагментация диска. Если диск забит, то как раз таки чтение будет с него идти медленнее. Это механика и имеет значение, с какой части диска идёт чтение с той, что ближе к оси или с той, что дальше. Если файл разбросан по всем частям диска, то его чтение будет в разы медленнее. Обратите как-нибудь внимание при попытке скопировать 100 Мб-ый лог и к примеру такого же размера видео. То что скорость после форматирования увеличилась - неудивительно. Тест скорее всего кривоват и цифрам не стоит доверять.
