Денис

А зачем tun? Tap круче. На сервере впн не настроены раздаваемые адреса.
А настройки клиента по типу интерфейса соответствуют настройкам сервера?
/sbin/ip route add 0.0.0.0/0 via 0.0.0.0 совсем неправильная команда.

Регистратору нужно 2 ДНС

В файл зоны bind добавить запись
* 900 in a (ip apach)

В описание домена в конфиге Apach
добавить ServerAlias *.local.ru

Этож bind , а не hosts.
Настроить bind на обслуживание зоны site.ru

apparmor настроить