Заменил
if( !empty( get_query_var( 'season' ) ) ){
$meta_query[] = array( 'key' => 'tour_season', 'value' => get_query_var( 'season' ), 'compare' => 'IN' );
}
на
if( !empty( get_query_var( 'season' ) ) ){
$seasons = get_query_var( 'season' );
$seasons = explode(",",$seasons);
$seasonsArray = array('relation' => 'OR');
foreach ($seasons as $season) {
$seasonsArray[] = array( 'key' => 'tour_season', 'value' => $season, 'compare' => 'LIKE');
}
$meta_query[] = $seasonsArray;
}
И вроде бы все корректно заработало. Кто силен в php и wordpress, подтвердите пожалуйста корректность решения.