Потому что это производительнее. Это ускоряется GPU + не вызывает repaint, т. к. transform не меняет реальное положение элемента. Прочитайте любую статью на тему, почему это так. За последние лет 8 их уже сотни, если не тысячи, и любой степени погружения в тему.
Способ избавиться от ряби в Chrome из-за transform — задать transform изначально, а уже на hover убирать его:
Иного метода, который бы по-настоящему исправил это, к сожалению, — нет. Либо полумеры, либо так, как я описал выше. Касательно того, как там устроено в Bootstrap — я не знаю, но на 99% уверен, что модификация компонентов под этот алгоритм не будет такой уж сложной и займет минут 10.
