Xris, вам надо в цикле пройти по выбранным строкам, создать новый документ и вызвать у него метод Заполнить(ДанныеЗаполнения) и передать в ДанныеЗаполнения ваши данные. Естественно, все это выполняется на стороне сервера. В обработчике заполнения уже сами раскидайте данные по реквизитам объекта.
Mag1str, регистр накопления, в котором вы храните остатки товаров, может давать информацию об остатках того или иного товара. Как вариант, это можно сделать с помощью запроса.