WireShark здесь не очень помог, так как трафик от виртуалки он показывает как тегированный, а трафик извне - уже без VLAN, причем такая беда на всех физических ПК. Подозреваю, что проблема в том, что драйвер WinPCAP стоит до драйвера сетевухи...
В этой же схеме пинги отваливаются с "Destination host unrechable". ETH0.100 значит к нему привязан VLAN 100 и назначен адрес на субинтерфейс. Пингов нет даже между 10.0.100.3 и 10.0.100.2 (если учесть, что мост на 2 VyOS криво настроен и не работает... Хотя без VLAN все нормально)