Пень3 на 2 Mpps? Крякнет даже не поняв что произошло (если топикстартер Mbps c Mpps не перепутал конечно)
Если трафик действительно в миллионах пакетов в секунду, то наверное есть смысл поставить какую-нибудь кошку и ею уже фильтровать на asic-ах.
Если же очень хочется именно софтового решения, то, думаю iproute2+hashes поможет и без этих костылей.