Я решил эту проблему просто.
1. Сделал аккаунт S3 на амазоне
2. Поставил s3cmd из портов
3. Написал скрипт на php для создания инкрементального бекапа и базы… отслеживается двух недельная история архивов, все старые удаляются, при синхронизацией с S3 старые бекапы удаляются также.
