PhpStorm+плагины (тема - Darcula)
Mercurial + TortoiseHg и Git
Docker (не надо у себя устанавливать LAMP)
ConEmu и Putty (если Windows)
Navicat (или другой удобный phpmyadmin)
Google Chrome
Notepad++ (если Windows)
Evernote (для кусков кода и скриптов)
PHP (для запуска мелких скриптов)
Composer
Filezilla
Microsoft Office / Google Docs
Pocket (для сохранения статей с Хабра)
Foobar (музыка)
f.lux (чтобы не уставали глаза вечером)
PuntoSwitcher