Понимаю что уже не актуально) но кому-то может поможет. Решил такую же проблему так. Создал товар с любым названием, "тест" например и добавил его в ту главную категорию которая не отображается, в колонке "опубликовать" которая справа выставил видимость как "личное". Результат, в этой категории товар не отображается а категорию выводит.