1 — Каждый процесс апача потребляет 4Гб виртуальной памяти — это очень плохо, а потребляет её скорее всего какой-нибудь opCacher типа xcache или apc или что-то подобное, не поленитесь изменить настройки на более разумные.
2 — Высокий показатель system usage говорит о том, что львиную часть CPU цыклов тратит ядро (в Вашем слючае это 88.4%), следовательно это может быть любая логика работающая в ядре будь то драйвер/пакетный фильтр/дисковая подсистема/сетевая подсистема/etc.
Если используется виртуализация на сонове OpenVZ, то подобный эффект, вполне, может наблюдаться из-за голодания хоста по необходимым ресурсам, т.к. если не ошибаюсь, в контейнерах OpenVZ подсчет утилизации CPU происходит по временным меткам и занимается им ядро самого контейнера, следовательно голодание хоста по CPU вызовет илюзию того, что контейнер потребляет много CPU.
P.S. Высокий LA говорит о том, что у планировщика ресурсов ОС очень большая очередь, следите за тем чтобы минутный показатель LA был не более кол-ва ядер доступных ОС (справедливо только когда ОС работает на железе, без гипервизора)