скорее всего яндекс позволяет работать с почтой по imap. таким образом на своем серваке настраиваешь почту тоже с imap. ты не указал какая у тебя ОСь, но в случае юникса берем imapsync и синкаем к себе на сервак.
в днс переключаем записи типа A и MX на свой айпи. таким образом весь мир узнает, что почту нужно слать на твой сервер.
ну и пользователям настроить учетки
както так
