самый простой способ это использовать maven. В eclipse просто создавайте maven проект. И вот эти зависимости нужно добавить
<dependency>
<groupId>org.jogamp.gluegen</groupId>
<artifactId>gluegen-rt-main</artifactId>
<version>2.1.5-01</version>
</dependency>
<dependency>
<groupId>org.jogamp.jogl</groupId>
<artifactId>jogl-all-main</artifactId>
<version>2.1.5-01</version>
</dependency>
upd:
Вот подробная инструкция
https://jogamp.org/wiki/index.php/Setting_up_a_Jog...
на windows когда-то давно использовал без maven, все было очень не удобно, при том что библиотеки нужно было нативные прописывать для разных платформ
совсем недавно использовал maven, на ubuntu 12.04 x64 + eclipse, прописываешь две зависимости, и все. То же код работает без проблем на windows
