nehxby

Изменил файлы только на одном из дисков и спрашиваешь? Разумеется, да.
RAID1 читает с обоих разделов в любом удобном порядке. Если информация не синхронизирована, то возможны какие угодно глюки.
Надо было загружаться с выдернутым диском и потом отдельно синхронизировать.

Вы не того чтобы один винт из рейда менять и потом ожидать что все будет хорошо?
Что вам мешало править файлуху на raid1, а не на отдельном винте.
Как рейд должен отнестись к тому что на винтах должно быть все одинаково, а из за того что вы залезли все стало разным? Отсюда наверно и проблемы растут.

Была подобная ситуация, но из за отсутствия свободного пространства на диске. Лечил fschk и удалением лишнего

У меня была аналогичная проблема из-за дефектов памяти.