Если единомоментно перевести на Либр всю вашу контору и устаканить внутренний "родной" формат файлов (odt и пр.) как корпоративный стандарт, то никаких проблем не возникнет - Либр достаточно вылизан и отрихтован. Даже проблему со слишком долгим стартом удалось решить в 5-й версии (хотя, конечно, даже Либр 5.0 стартует немножко дольше МС-Офиса). Мало того, есть и практические примеры успешности такого перехода: вот не так давно перевели на Либр мэрию какого-то крупного немецкого города, на чём здорово сэкономили.
Ставить Либр не глобально, а для отдельных пользователей - это на любителя, хотя я знаю примеры, когда кто-то на дух не переносит ленточный интерфейс МС-Офиса, а винтажный вид Либра (даже 5-го) ему оказывается в самый раз.
Что же касается несовместимости - по мне, самый крутой её случай, это когда копируют веб-страницу и вставляют её в документ. Вид такого документа оказывается совсем разным в MS Office, WPS Office и Libre Office. Лично я из-за этого вынужден был установить себе все три, и выбирать, где получится лучше.