Доводилось заниматься таким делом:
1. Минимизация количества вентиляторов. Удалось довести их число до 1 - на БП, охлаждение проца обеспечивал он же через специальный самодельный воздуховод из жести.
2. Этот кулер должен быть низкооборотным (1500 об/мин, лучше меньше, ещё лучше регулятор оборотов от температуры проца) большого диаметра (размером 120 мм) с саблеобразными лопастями.
3. HDD крепил через мягко-резиновые сайлент-блоки.
4. Обе бортовины корпуса, а также низ и верх оклеил толстым тарным картоном.
Результат меня удовлетворил: в 1,5 метрах на слух нельзя было различить, включён комп или выключен.