Есть два вида ссылок:
- относительная ../../site.html;
- абсолютная
example.ru/example/site.html.
В первом случае, вы указываете ссылку к внутреннему каталогу, который располагается у вас на сервере, где ../ - это один каталог вверх.
Во втором случае, вы указываете внешнюю, полную ссылку, такую, которую видит конечный пользователь.
Как-то так вроде, но могу и ошибаться, давно не верстал.