Как задать только единоразовое выполнение функции?

document.addEventListener("scroll", now()); - в данному случае как-то так. Мы сохраняем флаг в замыкании функции now, а в обработчик попадает возвращаемая ей другая функция

Как организовать множество очередей с таймерами?

Получается, скорее да.

Оптимизация JS?

Gulp просто запускает задачи. Одной из них вполне может быть вдумчиво составленный процесс пост-обработки вашего JavaScript. Оптимизирует по весу что-нибудь в духе uglyfi.js, а если его недостаточно - Google Closure Compiler в режиме ADVANCED_OPTIMIZATIONS (осторожно, не гарантирует ссылочную целостность в коде)