Можно использовать популярный скрипт reduce_mem_usage например отсюда. Он проверяет переменной какого типа достаточно чтобы описать минимальное и максимальное значение в колонке и преобразует тип. Предварительно нужно преобразовать целочисленные колонки в int64. Или загуглите и найдите вариант скрипта, который лучше подойдет, в сети море подобных скриптов с небольшими вариациями, в том числе с обработкой NaN, автоматической проверкой на целочисленность данных и т.п.