node-webkit = Node.js + Chromium (https://github.com/rogerwang/node-webkit).
Правда требует тянуть с собой рантайм

Потому что А *а это указатель и он хранить только адрес выделенной памяти, а память вы выделяете под экземпляр структуры B.
Далее вы его явно приводите к B *, и после разыменования работаете с экземпляром B.

Компилятор выделяет под new A память для хранения всех производных классов

Нет догадка неверна, да и в коде у вас new B(2).