Кажется решение все же существует! =)
stackoverflow.com/questions/9479117/vagrant-virtualbox-apache2-strange-cache-behaviour

What you're seeing is probably because the server serving the static files is using the «sendfile()» syscall, which is broken with the VirtualBox file system. You need to disable sendfile() usage in your server. For Apache:

EnableSendfile off

And for nginx: sendfile off;

Best, Mitchell

Просто отключаем sendfile в web сервере!
Даже не думал смотреть в сторону web сервера, хотя стоило!

P.S.: решение нашел не я, а человек не из хабра, думаю он будет рад инвайту если кому то эта инфа будет полезной… За мейлом в личку…