Вот, думаю Вам подойдет: RemoteScan

Вот скрин, где настроил два сканера (в выпадающем меню, правда, сканер один и тот же :) ):

Может быть, для начала обратиться к разработчикам? Пусть они прокомментируют ситуацию.
Проштудировать лицензионное соглашение. Если его нет (или же написано фуфло), то, боюсь (хотя ни разу не юрист) де-юро ничего не получится.
Как вариант, попробовать найти крякера, который умело выпилить ненужные модулю.
Но, имхо, сначала диалог с разработчиками.

Уже некоторое время работаю в Mathematica, и только вот сейчас заметил эту проблему. На вывод всегда отправлял через виртуальный pdf принтер, так что с pdf проблем не имел… А вот по поводу rtf пока идей нет.