mystifier

Как вариант можно создать Interceptor - наследник org.hibernate.EmptyInterceptor и в методе onPrepareStatement подменять хоть схему, хоть имя таблицы . Для этого нужно, чтобы была информация о профиле сборки(dev/prod).

Можно отдельно запустить где-нибудь определение хешей для нужных паролей.
А потом в insert вставить нужный хеш.

BCryptPasswordEncoder passwordEncoder = new BCryptPasswordEncoder(8);
String hashedAdmin = passwordEncoder.encode("admin");
String hashedPassword = passwordEncoder.encode("password");

Если нужно заполнять такие таблицы из других источников, то jdbc с batch insert (без hibernate), можно в несколько потоков.
Если запросы на выборку достаточно сложные, то предпочитаю использовать stored procedures, которые возвращают курсор. А этот курсор уже можно обрабатывать через hibernate.