В чанке оформления заказа удалите выбор доставки и способа оплаты ( по дефолту они такие)
<div class="col-12 col-md-6" id="payments">
<h4>{'ms2_frontend_payments' | lexicon}:</h4>
<div class="form-group row">
<div class="col-12">
{foreach $payments as $payment index=$index}
{var $checked = !($order.payment in keys $payments) && $index == 0 || $payment.id == $order.payment}
<div class="checkbox">
<label class="col-form-label payment input-parent">
<input type="radio" name="payment" value="{$payment.id}" id="payment_{$payment.id}"{$checked ? 'checked' : ''}>
{if $payment.logo?}
<img src="{$payment.logo}" alt="{$payment.name}" title="{$payment.name}" class="mw-100"/>
{else}
{$payment.name}
{/if}
{if $payment.description?}
<p class="small">{$payment.description}</p>
{/if}
</label>
</div>
{/foreach}
</div>
</div>
</div>
и
<div class="col-12 col-md-6" id="deliveries">
<h4>{'ms2_frontend_deliveries' | lexicon}:</h4>
<div class="form-group row">
<div class="col-12">
{foreach $deliveries as $delivery index=$index}
{var $checked = !($order.delivery in keys $deliveries) && $index == 0 || $delivery.id == $order.delivery}
<div class="checkbox">
<label class="col-form-label delivery input-parent">
<input type="radio" name="delivery" value="{$delivery.id}" id="delivery_{$delivery.id}"
data-payments="{$delivery.payments | json_encode}"
{$checked ? 'checked' : ''}>
{if $delivery.logo?}
<img src="{$delivery.logo}" alt="{$delivery.name}" title="{$delivery.name}"/>
{else}
{$delivery.name}
{/if}
{if $delivery.description?}
<p class="small">
{$delivery.description}
</p>
{/if}
</label>
</div>
{/foreach}
</div>
</div>
</div>
и добавьте в форму это
<input type="hidden" name="payment" value="1" id="payment_1" checked>
<input type="hidden" name="delivery" value="1" id="delivery_1" checked>
Также убедитесь что в настройках minishop2 есть и включен как минимум один способ доставки и оплаты, и его id используйте в value что в input выше.
Тем самым при оформлении заказа у пользователя не будет выбора способа доставки и оплаты, а в заказах в админке будет указан тот способ доставки и оплаты чей id прописали в инпутах.
Так же необходимо будет поправить чанк письма, чтобы пользователю не приходила информация о способах оплаты и доставки