Оказывается я ошибался на счет потока, он все-таки продолжал работу. Из-за высокой скорости работы, это было сложно отследить (серверная часть не моя, и почему я не видел активности сети). Но UI при этом перестает обновляться спустя какой-то промежуток времени.
Обновляю принудительно через update() прямо из потока, вроде бы работает.
В bios включаем CSM и контроллер успешно стартует на текущих версиях Debian.
Спасибо пользователю из Reddit, с таким же железом и контроллером за данный совет)
