reboot
shutdown -r now
Для того чтобы посмотреть список автозагрузки
apt-get install sysv-rc-conf
sysv-rc-conf --list
Можно и более простым способом, но тут будет графически показано, что в какой момент запускается :)
Ну и на всякий пожарный, включить MySQL в автозагрузку в Debian/Ubuntu
update-rc.d mysqld defaults