msnyastar

как-то так:

import requests, json

session = requests.session()
session.get('https://httpbin.org/cookies/set/my-cookie/my-value')
print(session.get('https://httpbin.org/cookies').json())

with open('cookies.json', 'w') as f:
    json.dump(requests.utils.dict_from_cookiejar(session.cookies), f)

session = requests.session()
print(session.get('https://httpbin.org/cookies').json())

with open('cookies.json') as f:
    session.cookies.update(json.load(f))

print(session.get('https://httpbin.org/cookies').json())

Если работа из-под root не предполагается (в 99.9% случаев можно заменить на sudo), то достаточно сделать описанное выше: отключить root в ssh и запретить локальный логин.
Если всё-таки зачем-то нужен root (или в первое время боитесь работы с sudo), то можно переименовать root в другой нестандартный username, чтобы злоумышленник подбирал не только пароль, но и логин.

Что делать с root после того как создал пользователя с обычными правами?

Ничего. Отключить возможность аутентификации в ssh - и все, больше ничего делать не надо. Рут используется для задач настройки системы, все остальное делается под обычным юзером.